Die Stiftung möchte den Blick für die gesellschaftliche Bedeutung der Pflanzenforschung und Pflanzenzüchtung schärfen. Sie will erkennbarer machen, dass Innovation und Züchtungsfortschritt erreichte Standards sichern und dazu beitragen können, zukünftige weltweite Herausforderungen zu meistern. Dabei verfolgt die Stiftung ausschließlich und unmittelbar gemeinnützige Zwecke. Gründungsstifter sind Persönlichkeiten und Familien, die sich der Pflanzenzüchtung über Generationen verpflichtet fühlen. Spenden und Zustiftungen zugunsten der Gregor Mendel Stiftung fördern Innovation und Fortschritt. Die Spenden werden gemäß der Satzung zu folgenden Zwecken verwendet:
Der Stiftungszweck wird insbesondere durch die Verleihung des "Innovationspreis Gregor Mendel" an Personen, die sich im Sinne der zuvor genannten Stiftungszwecke verdient gemacht haben und die Durchführung von wissenschaftlichen Veranstaltungen gewährleistet.